De kirkelige dialogsentrene er organisert som selvstendige foreninger. Areopagos og Den norske kirke ved bispedømmene er eiere og stiftere av alle de eksisterende sentrene, og noen sentre har i tillegg andre eiere.
Sentrene jobber hovedsakelig inn mot lokalmenigheter i Den norske kirke for å styrke deres kompetanse og engasjement for dialogfeltet. Videre jobber alle med ulike kurs, fagsamlinger og ungdomsprosjekter.
Alle senterne har daglige ledere, og Oslos daglige leder fungere som nasjonal koordinator. Størrelsen på andre stillinger varierer fra senter til senter.
